A Taça Intertoto foi originalmente concebida em 1961, como forma de gerar dinheiro para as companhias de apostas de futebol no Verão. A competição passou para a jurisdição da UEFA em 1995 e passou a ser usada como uma via alternativa de qualificação para a Taça UEFA, permitindo aos clubes que não se qualificaram para a Champions League ou para a Taça UEFA a possibilidade de experimentarem as emoções das competições europeias de clubes.

Êxito na Europa
A Taça Intertoto, que tradicionalmente começa em Junho, está aberta aos clubes que terminem os seus campeonatos logo atrás das equipes qualificadas para as duas principais competições da UEFA. Desde a sua implementação, serviu de trampolim para o êxito de várias equipas. Um dos seus vencedores, em 1995, o FC Girondins de Bordeaux, conseguiu chegar à final da Taça UEFA em Maio do ano seguinte, enquanto Bologna FC, AJ Auxerre e Villarreal CF (por duas vezes) alcançaram fases muito adiantadas da Taça UEFA, tendo-se qualificado para a competição através da Taça Intertoto.

Novo formato
O formato da Taça Intertoto foi alterado para a época 2006/07, contando com três eliminatórias em vez das cinco anteriores. As 11 equipes vitoriosas da terceira eliminatória do torneio, ou seja, as finais, seguem para a segunda pré-eliminatória da Taça UEFA, substituindo o antigo sistema, no qual os três vencedores das respectivas finais seguiam para a primeira rodada da Taça UEFA.

Eliminatórias
Todas as eliminatórias da competição são disputadas em jogos de ida e volta, qualificando-se para a rodada seguinte a equipe que conseguir mais gols no conjunto dos dois jogos. A lista principal de acesso das equipes na competição está dependente do número de federações nacionais que desejam participar. Quarenta e nove federações têm, por princípio, um lugar, mas se uma outra não avançar com uma equipe, a sua vaga será atribuída pela UEFA a outra nação.